他们只给了我一个复印件，已经过了一年原件已经不在了，那这个时候应该怎么办？

首先，让对方出具一份说明，解释原件因系统更新丢失的情况并加盖公章。然后，看复印件能否满足使用需求，若不行，可与对方协商重新开具发票，若对方拒绝，保留好沟通记录、复印件等证据，若后续因此产生纠纷，这些可作为维权凭证。
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针对您遇到的“开发票时只拿到复印件，现在开票方称电子版原件因系统更新已过一年不在”的情况，以下为您提供具体解决方式。
可以向开票方申请补开发票或提供发票复印件加盖公章。
1. 若存在开票方系统仍有备份或可恢复数据的情况：可要求其重新导出电子版原件并发送给您，或直接补开纸质/电子发票。
2. 若存在开票方确实无法提供电子版原件的情况：应要求其在已提供的复印件上加盖单位公章，以增强复印件的证明效力。
3. 若存在涉及税务抵扣、财务报销等重要用途的情况：除复印件加盖公章外，还可要求开票方出具《发票遗失证明》，说明发票开具情况及遗失原因。
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“开发票只拿到复印件，电子版原件因系统更新过一年不在”的情况可能存在以下法律风险点。
1. 税务抵扣或财务报销受阻风险：例如，您作为企业财务人员，将该复印件用于增值税进项税额抵扣，税务机关可能因复印件未加盖公章或无法与原件核实，认定抵扣凭证不合规，拒绝抵扣并要求补缴税款及滞纳金；若用于企业所得税税前扣除，也可能因缺乏有效凭证被税务部门调整应纳税所得额，导致企业多缴税款。
2. 证据链断裂导致维权困难风险：假设您与开票方就商品质量或服务问题发生纠纷，需要通过诉讼解决，而发票是证明交易金额、标的等核心事实的关键证据。若仅有未加盖公章的复印件，对方可能否认该发票的真实性，法院也可能因复印件证明力不足而难以支持您的诉讼请求，导致维权失败。
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面对“开发票只拿到复印件，电子版原件因系统更新过一年不在”的问题，您可采取以下实用行动建议。
1. 立即联系开票方协商补开：主动与开票方取得联系，明确说明您需要发票原件用于财务报销、税务抵扣等用途，要求其补开纸质发票或重新发送电子版原件，若无法补开则需在复印件上加盖公章并注明“与原件一致”。
2. 收集交易相关证据：整理与该笔交易相关的支付凭证（如银行转账记录、微信/支付宝付款截图）、聊天记录（与开票方沟通发票事宜的记录）、合同或订单信息等，作为交易真实性的辅助证明，以防后续产生纠纷时缺乏证据。
3. 咨询税务机关或专业人士：若开票方拒绝配合，可拨打当地税务服务热线（如12366）咨询发票遗失后的官方处理流程，或联系专业财税人员，了解复印件加盖公章后在税务处理、财务报销中的具体效力及操作规范。
4. 要求开票方出具书面说明：若最终只能获取复印件，除加盖公章外，还可要求开票方出具一份书面《发票情况说明》，详细注明发票代码、号码、金额、开具日期及无法提供原件的原因，并加盖公章，以增强复印件的可信度。
选择解决方案时，需重点考虑您获取发票的用途（如是否用于抵扣税款、报销时限要求等）以及开票方的配合程度，优先通过协商解决以提高效率。若协商无果，建议及时寻求专业法律或税务帮助，维护自身合法权益。
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关于您提出的“开发票只拿到复印件，电子版原件因系统更新过一年不在”的问题，其法律依据如下。
根据《中华人民共和国发票管理办法》（2019年修订）第二十二条规定：“开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。”同时，《中华人民共和国消费者权益保护法》第二十二条明确：“经营者提供商品或者服务，应当按照国家有关规定或者商业惯例向消费者出具发票等购货凭证或者服务单据；消费者索要发票等购货凭证或者服务单据的，经营者必须出具。”结合您的情况，开票方最初仅提供复印件不符合“全部联次一次性如实开具”的要求，且即便系统更新，其作为开票主体仍有义务通过补开或提供有效证明（如加盖公章的复印件）来保障您的合法权益，您有权依据上述法律规定要求其履行义务。